Osome Studio et Microids , après le succès du premier épisode du nouveau cours dédié aux Schtroumpfs, à savoir Mission Malfeuille, reviennent avec le deuxième chapitre dédié aux mignons amis bleus. Dans le dernier chapitre, l'arme principale, ainsi que la seule, était le VaporisaSchtroumpf. Après la fin de l'aventure, un certain temps a dû s'écouler et, une fois que son utilisation n'est plus nécessaire, le Schtroumpf Bricoleur souhaite lui trouver une nouvelle utilité. L'occasion parfaite se réalise dans une fête à organiser et, souhaitant créer une multitude de desserts, le Schtroumpf Bricoleur pense bien adapter le VaporisaSchtroumpf à la pâtisserie. Cependant, du projet à la pratique, les choses ne se passent pas bien et la puissance n'est pas suffisante pour concrétiser les idées originales. L'inventeur se faufile alors dans la maison du Grand Schtroumpf et, lisant ses livres, découvre l'existence de la Pierre Verte, un artefact puissant qui serait parfait pour le but de la fête. Ils découvrent que cette pierre est en possession de Gargamel et se faufilent donc dans sa masure afin de voler l'objet émeraude. Pour faire court, une fois la pierre touchée, un être par ailleurs fort peu amical est libéré, Stolas, mettant Gargamel en colère. C'est alors qu'une étrange idée vient aux Schtroumpfs et à l'alchimiste : s'allier et partir à la recherche du monstre libéré par la pierre. C'est le prologue du jeu et ainsi commence notre aventure dans Les Schtroumpfs 2 : Le Prisonnier de Pierre Verte.