Nous sommes au royaume de Judanest, où les Bladewings vivent en paix après avoir emprisonné leurs ennemis jurés, les Crows. Nous allons incarner Hidalgo, le prince de Judanest, dont la première mission est d'arriver à temps pour le dîner avec ses amis. Les Bladewings se réunissent à son restaurant pour passer un bon moment, ignorant qu'au même moment se produit un événement qui changera leur vie à jamais. Omega Wing, l'un des corbeaux les plus redoutables de son temps, est libre et corrompt le puits Meza (une ancienne source d'énergie), avec ce fait et la plume noire en sa possession, il parvient à corrompre les ailes de lame en les retournant contre notre prince, aboutissant à son emprisonnement pendant deux ans. Une voix le réveille, sa propre épée ; Mezameta, imprégnée du pouvoir de Meza, est désormais capable de parler, le libérant et lui révélant que deux ans se sont écoulés et que son équipe contrôle désormais l'ennemi , malgré le fait qu'Hidalgo lui-même l'ait déjà vu. Il tente de se souvenir, mais l'épée en profite pour raconter une blague sur l'amnésie du protagoniste, et ainsi commence la série d'événements qui jalonnent l'aventure. Hidalgo et Mezameta forment deux personnages opposés qui ne s'accordent pas : leurs humeurs et leurs styles sont discordants, laissant le joueur indécis quant à la direction à prendre face au récit. L'une des principales caractéristiques uniques d'Atomic Owl réside dans son côté roguelite. Vous commencez au niveau 1 avec une barre de 20 points de vie, et chaque coup subi ne vous enlève généralement qu'un point de vie. À mesure que vous gagnez des points meza (des orbes verts qui apparaissent lorsque vous éliminez des ennemis et qui sont dispersés sur la carte), la barre d'expérience entourant l'icône d'Hidalgo augmente. Lorsqu'elle est pleine, il gagne un niveau et gagne deux points de vie supplémentaires. D'autre part, éliminer un ennemi libère également un autre type de points, utilisés pour améliorer Hidalgo. Ces améliorations, ainsi que le niveau et les statistiques, sont conservées à chaque tentative.