En 2011, Mojang avait lancé le programme MinecraftEdu. Aujourd'hui Microsoft relance les choses sous le nom Minecraft : Education Edition. Cette version est principalement destinée aux écoles, ainsi qu'aux bibliothèques et aux musées. Le montant de l'abonnement mensuel est de 5 dollars par an et par utilisateur. Selon les développeurs, le jeu a été modifié afin de faciliter les applications ludo-éducatives :