Si ton disque foireux est le disque de boot, il faut que son remplaçant puisse booter. Mais le problème est plus vaste, car il n'y a pas que le MBR, il y a aussi la partition qui contient l'image linux (et éventuellement le initrd)

Comme tu n'as pas décrit comment est organisée la partition de boot (et que grub par défaut ne boote pas directement sur un md), j'attends plus d'infos...