Je n'ai jamais été satisfait par les solutions tout en un... Le plus simple, c'est d'utiliser TSMUXER pour demuxer le m2ts en audio, video et sous-titres séparés, puis de réassembler le tout avec MKVTOOLNIX. Pour les deux outils, il existe des frontends très bien fait. Et si tu n'a pas besoin de réencoder la vidéo, c'est une affaire de quelques minutes seulement.