Pour ceux que ça intéresse, j'ai trouvé le moyen de faire reconnaître et jouer convenablement les MKV multi-flux par Mediaportal. Cela suppose l'utilisation des dernières versions de MP, de ffdshow, de Haali Media Splitter et de DirectVobSub.

- Dans la config de Haali Media Splitter, mettre "Compatibility > Autoload VSFilter" à "Yes"
- Dans la config de ffdshow, activer le support expérimental de H.264 par libavcodec
- Dans la config de ffdshow, désactiver le support des sous-titres

Et ça devrait suffire; j'ai testé cette config avec succès sur plusieurs MKV comportant au moins 2 flux audio et plusieurs sous-titres, et ça passe sans problème. Si d'autres utilisateurs peuvent confirmer, ça pourrait aider pas mal de monde -- le support MKV ayant toujours été quelque peu "exotique" sous MP.