hdparm a les options -C, -S, -y, -Y et -Z pour manipuler ça.
Mais un filesystem linux stocke les instants d'accès aux fichiers en plus des instants de modification, donc écrit sur le disque (donc le redémarre) à chaque fois que tu ouvres un fichier, même en lecture. Il faut donc monter tes FS avec l'option noatime.
Sous debian, laptop-mode gère les options du hd, l'option de mount des FS et le cpufreq. powersaved fait apparemment ça aussi, mais je ne le connais pas.