Si tu sais utiliser les deux indépendement, tu ne devrais pas avoir de problème à mixer les deux xorg.conf (ou xfree86.conf) pour les utiliser tous les deux. Voir même tous les trois avec la carte on board.
J'ai procédé comme ceci.
Configuration d'une carte seule. (Ecran, résolution, couleurs, refresh rate)
Configuration de l'autre carte. (idem)
Mix des deux fichiers de config.