Le swap sur une partition a un accès direct au block device.
Le swap sur un fichier doit passer par la couche filesystem pour écrire ses blocs, et est donc moins performant. On l'utilise quand on ne peut pas ajouter une partition.

Cela dit, si tu comptes sur les performances du swap, tu as un problème... Donc le faire au-dessus du filesystem n'est pas un vrai problème...