L'iPhone 3G dispose d'un système de désinstallation des applications à distance. C'est ce qu'a confirmé le PDG d'Apple Steve Jobs au Wall Street Journal. Selon ce dernier, Apple a développé cette fonctionnalité afin de pouvoir limiter les nuisances occasionnées par d'éventuels logiciels malveillants approuvés par erreur et distribués via l'App Store.

Le co-fondateur d'Apple affirme que cette fonction n'a pas encore été utilisée depuis le lancement de l'App Store le 11 juillet. Certaines applications développées pour l'iPhone ont cependant été retirées de l'App Store, telles "I Am Rich", vendue 999 dollars et dont la seule fonctionnalité est d'afficher un ruby sur l'écran du téléphone.