Rsync n'y est pour rien.

Les headers HTTP de tes serveurs disent que le charset est UTF-8, le HEAD de tes fichiers HTML disent que c'est du windows-1252, mais ce sont les headers HTTP qui priment...

Tu dois configurer ça dans ton serveur web.


Edit: ou mieux, tu convertis tes fichiers windows-1252 en UTF-8 avec recode