J'ai trouvé !

En fait vu que le driver DBAL pour pdo_sqlsrv n'existe pas encore dans Doctrine 2.0 beta1, il faut le coder à la main... heureusement ce n'est pas compliqué, il suffit de reprendre les 2 classes PDOMsSql/Driver.php et PDOMsSql/Connection.php et adapter les appels PDO.

Et tout marche enfin

Plus qu'à découvrir comment utiliser Doctrine au quotidien, mais au moins maintenant plus de problème de connexion à la DB