Si tu tournes sur Debian avec un kernel standard, tu trouveras la config courante dans /boot/config-xxx. Sinon, peut-être ton kernel courant est-il compilé avec l'option proc/config, alors tu trouveras cette même config dans /proc/config ou qq chose du genre.
Tu dois alors copier cette config dans le directory de build de ton kernel et faire "make oldconfig". Ainsi tu récupères tout ce que tu avais, puis tu peux faire make menuconfig pour peaufiner.
Si tu n'as pas besoin du support usb, ne le compile pas. Pareil pour le port parallèle et autres.
Pour tester avant de rebooter, y'a pas vraiment moyen. Tu as accès physique à la machine ? Un downtime de quelques minutes est acceptable ? Alors le mieux est de le démarrer et pouvoir retomber sur l'ancien kernel si ça ne marche pas, en voyant d'abord pourquoi.
Si tu n'as pas accès physique, ... ben y'a moyen aussi mais c'est un peu plus dur et toujours plus risqué.
Si tu ne peux pas supporter de downtime, laisse tourner ton serveur avec le kernel qu'il a...