Bon... le problème n'étant toujours pas résolu, j'ai creusé un peu du côté du runtime java...

Et là bingo : dans eclipse je vois qu'il utilise toujours ce putain de GCJ de merde (le java gnu, open source peut-être mais qui marche mal, c'est comme le gnash version libre de flash qui fait tout planter). Bref j'ai pris le taureau par les cornes et j'ai totalement purgés les packages suivants de mon système :
gcj-4.2-base
gcj-4.3
gcj-4.3-base
Eclipse en fait s'était installé en "double" : des packages normaux et les mêmes mais pour gcj. Tout ça maintenant a disparu, j'ai redémarré Eclipse : c'est ok il me rouvre mon environnement de travail comme avant aucun problème, et j'ai vérifié dans les préférences : c'est enfin la JRE de Sun qui est utilisée !

J'espère que ceci résoudra définitivement mon problème... On verra sur la durée, je vous tiens au courant